企業自查無電子信息的，不允許正式申報。在進行申報之前，需要消除疑點所涉及的數據。如果報關單相關信息缺失，企業可以先登錄電子口岸，點擊“重發”，收到電子信息后再進行自查。如果確認長時間沒有電子信息，可以進入“電子稅務局-出口退稅管理-出口退(免)稅申報-出口信息查詢申請”模塊新建查詢申請表，按要求填寫憑證類別、憑證號等信息，通過電子稅務局上傳，主管稅務機關將協助查找相關信息。
如果納稅人已“核對退稅”且尚未申報退稅，則需要將增值稅專用發票和海關進口增值稅繳款書調整為“核對抵扣”：進入“電子稅務局-出口退稅管理-出口退(免)稅申報-申請退還進項憑證信息”模塊，按要求錄入數據，生成申報并提交主管退稅機關審核。審核通過的次日，納稅人可在增值稅發票綜合服務平臺重新查詢抵扣情況。
納稅人可以通過“電子稅務局-我要查詢-出口退稅信息查詢-出口退稅率查詢”模塊進行查詢。對于出口退稅率為0的商品，雙擊商品編碼進入商品編碼明細模塊，查看特殊商品標識：如果特殊商品標識為“免稅”，則為出口免稅商品；特殊商品標注“禁止出口或出口不退稅”的，按照內銷的稅率征收增值稅。
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